הרב שמואל אליהו הודיע כי הוא מברך על החלטת היועץ ווינשטיין לפיה אין מקום לפתיחת חקירה בעניין פסק ההלכה של מכתב הרבנים האוסר למכור קרקעות ובתים לנכרים, ועל עמדתו באופן עקרוני כי יש להימנע מהתערבות מיותרת בפסקי הלכה תורניים.עוד הודיע הרב שמואל אליהו כי הוא סמוך ובטוח שהחקירה בעניין התבטאויות שהשמיע בעבר תאפשר להבהיר את עמדתו באופן ברור וחד משמעי כי על המדינה לפעול נגד אוכלוסיות תומכי טרור במגזר הערבי ולא נגד המגזר הערבי בכללותו, והביע תקווה לשוויון אמיתי בפני החוק בתחום חופש הביטוי שלא מתקיימות תמיד כשמדובר באנשי שמאל. מדברי הרב הביא כתבנו ישראל רוזנר.
פרקליטו של הרב שמואל אליהו, עורך הדין אביעד הכהן הודיע בתגובה כי הוא מעריך שתוצאת חקירה זו, במידה ותתקיים לא תוביל להעמדתו של הרב אליהו לדין בגין התבטאויות אותן אמר בכובעו הרבני. כלשון ההודעה.
בנוסף חבר הכנסת מיכאל בן-ארי מהאחוד הלאומי אמר בתגובה
כי חקירת ההשתקה של הרב אליהו, היא רדיפת היהדות. כהגדרתו. במסגדים ובאוניברסיטאות הערביות ימשיכו לעודד טרור ולקרוא לחרם גזעני על ישראל בעוד עורך הדין שי ניצן ימשיך לרדוף ולהשתיק את רבני ישראל. דברי חבר הכנסת בן-ארי.
מנגד, חבר הכנסת עפו אגבריה מחד"ש שהגיש בעבר תלונה נגד הרב שמואל אליהו, סבור כי מדובר בהחלטה לא מספיקה ומאוחרת, והאשים את הרב בהסתה לגזענות בשם הדת כשהוא מוסיף שמקומו מאחורי סורג ובריח, כלשונו.